متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته : زیست شناسی دریا

گرایش : جانوران دريايي

عنوان : شناسايي و طراحی  آغازگرهاي نشانگر ريزماهواره در ماهي راشگوي معمولي(Eleutheronema tetradactylum, Shaw,1804) خليج فارس

دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر

دانشکده علوم دريايي و اقيانوسی

گروه زيست شناسی دريا

پايان نامه دکتري رشته زيست شناسي دريا گرايش جانوران دريايي

عنوان:

 شناسايي و طراحی  آغازگرهاي نشانگر ريزماهواره در ماهي راشگوي معمولي(Eleutheronema tetradactylum, Shaw,1804) خليج فارس

اساتيد راهنما:

دکتر حسين  ذوالقرنين

دکتر مهدي  محمدي

اساتيد مشاور:

دکتر محمدعلي  سالاري علي آبادي

دکتر سيدجواد  حسيني

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده:

تنوع زيستي بخش حساسي از سرمايه طبيعي است. بسياري از احتیاجات ما از اين سرمايه تامين مي‌شود. تنوع زيستي نوعي بيمه طبيعت در مقابل حوادث بد و ناگوار است. اهميت شناخت کامل ماهيان جهت  بهره برداري بهينه از اين ذخاير بر هيچ شخص آگاه از مسائل شيلات پوشيده نيست. امروزه با فن آوري هاي مولکولي مي توان تفاوت بين نژاد ها، ژنوتيپ ها يا افراد را در تحقيقات ژنتيک جمعيت با دقت مورد بررسي قرار داد. شناسايي، حفاظت و استفاده پايدار از تنوع ژنتيکي براي موفقيت هر برنامه به نژادي و يا زيست فن آوري امري ضروري است. ريزماهواره ها در DNA هسته تمام يوکاريوت ها و حتي برخي پروکاريوت ها يافت شده است. ريزماهواره ها كوتاه ترين ترتيبات متوالي (1 تا 6 جفت بازي) مي باشند كه تعداد واحد تكرارشونده در هر محل از چند باز تا حدود30 باز متفاوت است. يکي از مشکلات عمده ريزماهواره ها ضرورت ايجاد و غربال کتابخانه  ژني DNA براي نواحي ريزماهواره ها مي باشد. اين امر نيازمند شناخت توالي هاي DNA موجود مورد مطالعه مي باشد، که بسيار زمان بر و پر هزينه است.

ماهی راشگوي معمولي (Eleutheronema tetradactylum) از دير باز مورد توجه ويژه ساحل نشينان و در گروه ماهيان ممتاز منطقه خليج فارس و درياي عمان قرار دارد. اين گونه بعد از حلوا سفيد  Pampus argenteus  بالاترين قيمت در ميان آبزيان حوزه خليج فارس را به خود اختصاص داده است. در اين تحقيق تعداد 79 نمونه از استان هاي خوزستان (چوئبده آبادان، بندر ماهشهر و بندر هنديجان) و بوشهر (بندر جلالي بوشهر و بندر دير) با بهره گرفتن از قايق هاي صيادي مجهز به تورگوشگير برداشت شد.

اندازه قطعات تعیین توالی شده 984- 662 جفت باز بود. تعداد شش جايگاه آللي ریزماهواره جهت بررسي مورد بررسي قرار گرفت. پنج جایگاه از نوع کامل(خالص) و یک جایگاه از نوع مرکب بود. 3 جفت آنها چندشکلي (پلي مورف) و 3 جفت آنها تک شکلي (مونومورف) بودند. بيشترين تعداد آلل مشاهده شده در جايگاه Eletet2(AB697177) و مربوط به نمونه هاي استان بوشهر (5 آلل) و كمترين مقدار آن در جايگاه Eletet16.0(AB697180) و مربوط به نمونه هاي استان خوزستان (1 آلل) مي باشد.

فصل اول: مقدمه و کلیات

1-1- مقدمه

عوامل متوازن ساختن معادله توليد و مصرف و يا به عبارت بهتر، تامين غذا براي مردم بسيارند كه كشف ذخائر و منابع جديد يكي از آنها است. اما مديريت و حفاظت صحيح اين منابع يكي از متغيرها  و گزينه‌هاي تقريبا فراموش شده‌اي است كه مطمئنا در آينده‌اي نه چندان دور، بشر را دچار مشكلات جدي خواهد نمود. امروزه در شرايطي كه بشر به دليل رشد روزافزون جمعيت (Apostolidis et al.,1996) نياز به خوراك، پوشاك، دارو و مكان زندگي دارد، متأسفانه بيش از هر زمان ديگر شاهد از دست رفتن غم انگيز و فاجعه‌آميز منابع جبران‌ناپذير و بي‌بديل حيات است.

نابودي گونه‌ها و از دست رفتن توانايي اكوسيستم‌ها براي رفع نيازهاي روزافزون بشر، نابودي منابع ضروري و مورد نياز براي رفع احتياجات امروز و آينده ما است. كاهش تنوع زيستي به معناي كاهش توانايي ما براي به دست آوردن غذاي كافي، دارو و پوشاك مورد نياز، محيط زيست سالم و انواع مايحتاج زندگي است.

تنوع زيستي به معناي گوناگوني موجودات زنده، از انواع گياهان و جانوران كوچك و بزرگ تا قارچ‌ها، جلبك‌ها و انواع موجودات ذره‌بيني است. موجودات زنده گوناگون كه در سراسر دنيا پراكنده‌اند از نظر خصوصيات ظاهري، رفتاري، زيست محيطي و از نظر ژن ‌هايشان بسيار متفاوت مي‌باشند و اين تنوع، تنوع زيستي منظومه حيات كره زمين را تشكيل مي‌دهد (FAO, 1998). تنوع زيستي بخش حساسي از سرمايه طبيعي است که بسياري از داشته‌هاي ما از اين سرمايه تامين مي‌شود. تنوع زيستي علاوه بر آن که توسعه کشاورزي را ممکن مي‌سازد، امکان سازگاري با شرايط جديد را براي گونه‌هايي که فاقد چنين امکاناتي هستند، فراهم مي آورد. در حقيقت تنوع زيستي نوعي بيمه طبيعت در مقابل حوادث بد و ناگوار است. در اين رهگذر خوش بينانه ترين تخمين ها، تعداد گونه‌هاي زيستي را كمتر از  6/13  ميليون گونه برآورد كرده‌اند و اين همه آن چيزي است كه از منابع زيستي در دسترس داريم (FAO, 1998). شايد در نگاه اول اين تعداد گونه‌ها زياد به نظر رسد اما وقتي به ياد آوريم كه سالانه  نزديك به ۳۰ هزارگونه گياهى و جانورى را همگام با تخريب اكوسيستم ها و شكار و برداشت بيش از حد برخى از گونه‌ها، براي هميشه از دست مى‌دهيم. بيش از ۵۴۰۰ گونه از جانوران و ۵۷۰۰ گونه از گياهان در شرايط بحراني و در معرض خطر انقراض قرار دارند كه اگر اوضاع به همين منوال باشد، تا پايان قرن بيست و يكم ميلادي نيمي از گونه‌هاي زيستي موجود در جهان يعني در واقع نيمي از تنوع زيستي جهان را از دست خواهيم داد، مي‌بينيم كه اين تعداد گونه‌هاي موجود در جهان خيلي زياد نيست و با ادامه روند كنوني نابودي تنوع زيستي، به زودي اين سرمايه تجديد‌ناپذير را از دست مي‌دهيم (Bagley et al., 2004 FAO, 1999;).

انقراض گونه‌ها از زمان پيدايش حيات وجود داشته است. شايد تاكنون 30 ميليارد گونه بوجود آمده باشند، اما امروزه تنها 01/0 درصد آنها بر روي كره زمين زندگي مي كنند. گرچه انقراض گونه‌ها يک چرخه طبيعي است، اما از زمان آغاز کشاورزي در ده هزار سال قبل، به همان شتابي که انسان به توسعه نامتوازن در سراسر کره زمين مشغول بوده، انقراض گونه‌ها نيز سرعت بيشتري پيدا  کرده است. در واقع، حذف بسياري از گونه‌هاي جانوري و گياهي روي زمين به دست انسان و براي دستيابي به منابع اقتصادي کوتاه مدت، نه تنها کوته نظري و اشتباه است، بلکه تهديد امنيت جهاني نيز به حساب مي‌آيد (Ward et al., 1994).

بنابراين با تعميق فكر و انديشه، امروزه جايگزين كردن نگرش “غلبه بر طبيعت” با “زندگي در طبيعت” و حفاظت از تنوع زيستي يكي از اساسي‌ترين مسائل غالب كشورهاي جهان محسوب مي‌گردد و اين امر نيز بدون بررسي و شناخت تنوع زيستي يك منطقه يا كشور و به بيان ديگر شناسايي موجودات مختلف ميسر نيست (FAO, 1998;  FAO, 1999).

خوشبختانه تنوع اين ذخائر كه يك موهبت و عنايت الهي است در كشورعزيزمان، كاملاً هويدا است و با بررسي هاي علمي ‌و هوشمندانه مي‌توان به راه كار عملي براي حفاظت از اين ذخاير دست يافت. وضعيت بحراني زيستگاه‌ها و گونه‌ها يك حقيقت است و شانه خالي كردن از زير بار مسئوليت، تنها منجر به تسريع اين فرآيند زيان بار مي‌گردد. بر كسي پوشيده نيست كه اگر تمهيداتي در اين زمينه در نظر گرفته نشوند روز به روز مشكلي همچون خالي شدن ذخاير ژنتيكي جدي تر مي‌شود. لذا ضرورت دارد همه دست اندركاران امر و همه آنهايي كه احساس وظيفه ملي در مقابل ملت و كشور خود مي كنند، آستين بالا زده و در فكر طرح نو برآيند و چاره‌اي بيانديشند. در اين راستا سند بيست ساله كشور، حفاظت محيط زيست و احياي منابع طبيعي را بعنوان يكي از اصول بند 19 و تحت عنوان آمايش سرزمين مورد تاكيد قرار داده است (فياضي، 1385).

يكي از عوامل عمده‌اي كه باعث برخورد خشن انسان با طبيعت و از بين بردن تنوع زيستي شده است، نياز شديد به مواد غذايي است. عدم تناسب بين رشد جمعيت و مقدار مواد غذايي در جهان باعث فشار بيشتر انسان به طبيعت و تنوع زيستي آن شده است (FAO, 1998; FAO, 1999). كشور ما، هم اكنون در رديف كشورهاي وارد كننده مواد پروتئيني قرار دارد. با اين حال مصرف سرانه مواد پروتئيني مردم از مقدار استاندارد جهاني كمتر مي باشد. اين مسئله در مورد استفاده از پروتئين نوع حيواني چشمگيرتر است. با توجه به معضلاتي كه در سالهاي اخير گريبان گير صنعت دام و طيور (نظير جنون گاوي و انفلوآنزاي طيور) شده است، روي آوردن به فرآورده‌هاي ماهي (به غير از مزيت اسيد چرب خوب آن‌يعني ω3 ) امري اجتناب ناپذير است و چه بسا در سال هاي آينده، داشتن منابع و ذخاير ژنتيكي خوب و مديريت شده از ماهيان يكي از امتيازات كشورها خواهد بود       (رجايي و رجایی، 1383).

 اهميت شناخت همه جانبه ي ماهيان جهت  بهره برداري بهينه از اين ذخاير بر هيچ شخص آگاه از مسائل شيلات پوشيده نيست. تفاوت بين جمعيت ها مي تواند از طريق ريخت شناسي و به دنبال آن نيز در سطح مولکولي ارزيابي گردد. خصوصيات ريخت شناسي (شمارشي و اندازه اي)     مي تواند بعنوان اولين گام براي بررسي ساختار ذخاير گونه ها یا جمعيت ها در مقياس بزرگ استفاده شود. با اين وجود يک محدوديت عمده در کاربرد خصوصيات ريخت شناسي در سطوح داخلي وجود دارد که در آنها اختلافات فنوتيپي تحت کنترل مستقيم ژنتيکي قرار ندارد بلکه تعييرات محيطي نيز دخالت دارند (Bhassu et al., 2008).

امروزه با پيشرفت هاي  فن آوري بطور فزآينده اي از ژنتيک در تعيين تفاوت هاي جمعيت گونه هاي ماهي استفاده مي شود. با فن آوري هاي مولکولي مي توان تفاوت بين نژاد ها، ژنوتيپ ها يا افراد را در تحقيقات ژنتيک جمعيت با دقت مورد بررسي قرار داد. توصيف ويژگي هاي مختلف در سطوح  جمعيت مي تواند به درک تنوع و ساختار ژنتيکي  بين و مابين جمعيت و نيز  مطالعه و حفاظت از جمعيت هاي کوچک بکار رود (Diniz et al., 2007). يكي از مسائل اساسي و بسيار مهم،  خصوصيات ژنتيكي ماهيان مي باشد كه با بررسي دقيق آن مي توان اطلاعاتي جامع براي حفاظت از ماهيان و ارزيابي ذخاير يك جمعيت كسب كرد.

منابع ژنتيکي در حقيقت ماده خام و دست مايه ی اصلي پژوهشگران براي توليد       فرآورده هاي زيستي مي باشد که بدون آن فن آوري زيستي دستاوردي نخواهد داشت. بنابراين به موازات گسترش فنون زيست فن آوري[1]، حفاظت ذخاير ژنتيکي را بايد به عنوان سرمايه و ثروتي که روز به روز ارزش بيشتري پيدا  مي کند، در راس اولويت هاي تحقيقات قرار داده و با يک برنامه ملي و همه جانبه امکان حفاظت و بهره برداري هر چه بهتر از ژن هاي موجود در تنوع زيستي کشور را در برنامه هاي فن آوري زيستي موجود فراهم نمود. شناسايي، حفاظت و استفاده پايدار از تنوع ژنتيکي فوق العاده اي که در منابع ژنتيکي آبزيان ايران مشاهده مي شود براي موفقيت هر برنامه به نژادي و يا زيست فن آوري امري ضروري است (رجايي و رجایی، 1383).

كشورمان علاوه بر440 هزار منبع آبي داخلي با 1800 كيلومتر مرز آبي در خليج فارس و درياي عمان و حدود 990 كيلومتر از سواحل جنوبي درياي خزر تنوع عظيمي از موجودات آبزي را در خود جاي داده است. بنابراين داراي منابع غني از آبزيان و توانايي بالا در پرورش و صيد ماهي مي‌باشد (Coad, 1998). 

بنابراين با توجه به اهميت تنوع ژنتيكي ونقش آن در بررسي تاريخچه ی جمعيت‌ها و گونه‌ها، و ضرورت شناخت و حفاظت تنوع در حداقل كردن احتمال از بين رفتن گونه‌هاي مطلوب و پايدار كردن گونه‌ها (تنوع ژنتيكي براي سازش تكاملي گونه‌ها با تغييرات محيطي لازم است)، همچنين با توجه به اهميت بالاي ماهيان ممتاز بويژه راشگوي معمولي در اقتصاد شيلاتي کشور بويژه استان هاي جنوبي، سعي شد با بررسي بنيان ژنتيكي اين ماهي، راه را براي مديريت حفاظت اين گونه‌ هموار نمود و راهكار‌هايي براي حداقل نمودن زوال تنوع ژنتيكي پيدا كرد.

در خصوص اهميت شيلاتي راشگوي معمولي بايستي به نکات زير اشاره نمود که اين ماهي از دير باز مورد توجه ويژه ساحل نشينان و در زمره ماهيان ممتاز منطقه خليج فارس و درياي عمان قرار دارد. اين گونه بعد از حلوا سفيد  Pampus argenteus  بالاترين قيمت در ميان آبزيان حوزه خليج فارس را به خود اختصاص داده است. هرچند ذخاير اين آبزي نسبت به ذخاير ساير ماهيان بسيار کمتر مي باشد، اما از لحاظ ارزش اقتصادي مهم تر است. اهميت اين ماهي در اقتصاد شيلاتي کشور به حدي است که با وجود اينکه درصد کمي از فرآورده هاي شيلاتي را تشکيل مي دهد، اما ميزان درآمد آن قابل توجه مي باشد (رجايي و رجایی، 1383).

1-1-1-اهداف و فرضيه هاي تحقيق

با توجه به اهميت خصوصيات  ژنتيکي و نقش آن در بررسي تاريخچه ی جمعيت ها و بررسي موارد تكاملي گونه ها، ضرورت شناخت و حفاظت ژنتيكي در به حداقل رساندن احتمال از بين رفتن گونه ها و از طرفي پايدار کردن گونه ها (تنوع ژنتيکي براي سازش تکاملي با تغييرات محيطي لازم است) محرز مي باشد (بابايي و همکاران،1380). گسترش برنامه هاي مديريتي و انجام       فعاليت هاي بازسازي ذخاير ماهي راشگوي معمولي هنگامي مي تواند مفيد باشد که تنوع ژنتيکي ساختار جمعيتي آن درک شود زيرا اين اطلاعات در انتخاب جمعيت هاي دهنده ژن در تکثير مصنوعي و در امر بازسازي ذخاير ضروري به نظر مي رسد.

 در زمان شروع اين مطالعه بعلت نبود هيچگونه اطلاعاتي در خصوص توالي هاي     ريزماهواره اي (بانک ژني[1] و سايت هاي مربوطه از جمله [2]NCBI) ماهي راشگوي معمولي و حتي خانواده اين ماهي، تلاش گرديد  با تعيين توالي‌هاي نوكلئوتيدي و شناسايي و جداسازي آغازگرهايي براي تكثير توالي هاي ريزماهواره اي[3] از ژنوم اين ماهي، تكنيك مولكولي مفيدي مبتني بر ریزماهواره، در جهت شناسايي جمعيت راشگوي معمولي در سواحل خليج فارس با اهداف کلي ذيل ارائه شود:

 1- تعيين توالي ريزماهواره های جداسازی شده

 2- طراحي آغازگرهاي ريزماهواره برای این ماهی برای اولین بار و ثبت در مراكز بين المللي براي مطالعات بعدي در اين گونه و خانواده

 3- آزمون آغازگرهای شناسايی شده در جمعيت ماهيان مورد مطالعه جهت بررسی چندشکلی

با توجه به بررسي‌هاي اوليه اين فرضيه ها مطرح گرديد:

1- توالي های  نوكلئوتيدي ريزماهواره اي در ماهي راشگوي معمولي، قابل شناسایی، جداسازی و تعیین توالی می باشند.

2- جایگاه های ريزماهواره اي جداسازی شده از ماهي راشگوي معمولي حالت چندشکلی را نشان می دهند.

[1] Gene Bank

[2] National Center of Biotechnology  Information

[3] Microsatellite

[1] Biotechnology

تعداد صفحه : 125

قیمت :14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

:        ****       serderehi@gmail.com

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

***  *** ***

جستجو در سایت : کلمه کلیدی خود را وارد نمایید :