دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته شیمی

گرایش آلی

با عنوان :  محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان كمپلكس های پلاتین و پالادیم

دانشگاه آزاد اسلامی

واحد رشت

دانشکده علوم پایه

گروه آموزشی شیمی

پایان نامه تحصیلی جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد                                                                        

رشته شیمی   گرایش آلی

عنوان:

محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان كمپلكس های پلاتین و پالادیم

استاد راهنما:

دکتر ربابه صیادی کردآبادی

 استاد مشاور:

دکتر حسین فلاح باقر شیدایی

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان كمپلكس های پلاتین و پالادیم

فرشته موسی پور

کمپلکس های ضد سرطان پلاتین و پالادیم با لیگاندهای نیتروژن دهنده ابتدا با روش B3LYP/LANL2DZ بهینه شدند. در ترکیبات دارویی پلاتین با بهره گرفتن از نرم افزار Dragon و محاسبات Spss و روش MLR و Unscrambler بهترین و مؤثرترین داروی ضد سرطان پلاتین با مناسب ترین توصیف کننده ها پیشنهاد شد.در ترکیبات ضد سرطان پالادیم واکنش فلز پالادیم با اتم N7 گوانین و آدنین با روش B3LYP/LANL2DZ بهینه شد و با توجه به محاسبات ،اتصال پالادیم به N7 گوانین مناسب تر است که در این با نتایج تجربی سازگار است. ]81 و82[

کلید واژگان: پالادیم – پلاتین- ضد سرطان- آدنین-گوانین

فهرست مطالب

عنوان                                                                                 صفحه

چکیده فارسی.................................................................................................................... ج

چکیده انگلیسی.................................................................................................................. b

فصل اول ـ QSAR و کمپلکس های ضدسرطان پلاتین و پالادیم

1-1-مقدمه........................................................................................................................ 2

1-2- وابستگی كمی ساختار ـ فعالیت(QSAR)................................................................... 2

1-3- توسعه تاریخی  QSAR........................................................................................... 4

1-4- مراحل انجام QSAR............................................................................................... 8

1-5- انتخاب سری مولكولی ............................................................................................. 9

1-6- رگرسیون خطی چندگانه............................................................................................ 9

1-7- Gaussian................................................................................................................ 11

1-8- انواع ورودی Gaussian.......................................................................................... 11

1-9- شیمی های مدل........................................................................................................ 13

1-10- روش ها ............................................................................................................... 13

1-11- مجموعه های پایه .................................................................................................. 13

1-12- توابع BLYP و  B3LYP...................................................................................... 15

1-13- سرطان .................................................................................................................. 15

1-14- نقش كمپلكس های پلاتین در درمان سرطان ............................................................ 16

1-15- پیشینه تحقیق در مورد انواع كمپلكس های پلاتین ..................................................... 19

1-16- نقش کمپلکس های پالادیم در درمان سرطان ............................................................ 20

1-17- پیشینه تحقیق در مورد کمپلکس های پالادیم............................................................. 21

                                           

                                               فصل دوم: روش محاسبات

2-1- استفاده از نرم افزار Chem Draw.............................................................................. 24

2-2- استفاده از نرم افزار Hyper Chem و Chem 3D و G98............................................. 24

2-3- استفاده از نرم افزار Dragon..................................................................................... 24

2-4- استفاده از نرم افزار Spss و Unscrambler................................................................. 25

فصل سوم: نتایج

3-1- ساختارهای بهینه شده کمپلکس های ضدسرطان پلاتین ............................................... 27

3-2- محاسبات Spss در کمپلکس های بهینه شده پلاتین ..................................................... 34

3-3- محاسبات Unscrambler کمپلکس های بهینه شده پلاتین.............................................. 36

3-4- ساختارهای کمپلکس های پالادیم بهینه شده با گوانین و آدنین ..................................... 38

فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری

4-1- نتایج حاصل از کمپلکس های پلاتین ......................................................................... 51

4-2- پیشنهادات برای کار با پلاتین .................................................................................... 51

4-3- نتایج حاصل از کمپلکس های پالادیم ........................................................................ 51

4-4- پیشنهادات برای کار با پالادیم ................................................................................... 52

فصل پنجم: منابع............................................................................................................................................53

مقاله های ارائه شده..........................................................................................................................................61

- مقدمه

برای درك مكانیسم فرآیندهای مختلف شیمیایی، كشف و توسعه مواد جدید، حفظ محیط زیست و زمینه های دیگر شیمی، هنوز توانایی حل مسائل به طور كامل وجود ندارد و برای حل این مشكل، روش های محاسباتی كمومتریكس می توانند مفید باشند. به تجزیه و تحلیل آماری و ریاضی داده های شیمیایی معمولاً تحت عنوان كمومتریكس[1] یاد می شود. به عبارتی دیگر كمومتریكس یك روش كارآمد برای خلاصه كردن اطلاعات مفید از یك سری داده مشخص و پیش بینی داده های دیگر است. در حقیقت هدف كمومتریكس، بهبود بخشیدن فرآیندهای اندازه گیری و استخراج اطلاعات شیمیایی مفیدتر از داده های اندازه گیری شده فیزیكی و شیمیایی است.

1-2- وابستگی كمی ساختار ـ فعالیت[2] (QSAR)

یكی از زمینه های مهم كاربرد كمومتریكس در مطالعاتی است كه خواص مولكول ها را به ویژگی های ساختاری آنها نسبت می دهد. از نظر شیمی دانان فعالیت و خواص یك تركیب ناشی از ویژگی های ساختاری آن است. این نوع از مطالعات به بررسی كمی ارتباط ساختار با فعالیت (QSAR)، هدف از مطالعات (QSAR) پیدا كردن رابطه ای بین رفتار فیزیكی و شیمیایی یك مولكول با پارامترهای ساختاری آن است. نتایج این مطالعات علاوه بر شفاف سازی نحوه ارتباط بین خواص مولكول ها و ویژگی های ساختاری آنها به پژوهشگران در پیش بینی رفتار مولكول های جدید براساس رفتار مولكول های مشابه كمك می كند.

ارتباط كمی ساختار ـ فعالیت به نحوه ارتباط بین فعالیت بیولوژیكی و ساختار شیمیایی تركیبات می پردازد. هدف QSAR، ایجاد رابطه ای منطقی بین كمیت ها و یا خواص تركیبات (فعالیت) و ساختار شیمیایی آنها است و این قاعده برای مولكول های جدید مورد استفاده قرار می گیرد.از QSAR می توان برای توصیف خواص فیزیكی مانند حلالیت، هیدروفوبیسیته، دمای جوش، تحرك یونی، فعالیت بیولوژیك برای سمیت ژنی، مواد سرطان زا و غیره استفاده کرد و همچنین خواص بیولوژیكی مانند IC50، و خواص فضایی، هیدرفوبیسیته، و الكترونی را پیش بینی كرد. از كاربردهای دیگر QSAR می توان به محاسبه زمان بازداری تركیبات، گرانروی، ثابت های بازی و اسیدی تركیبات اشاره كرد [1-17].

فرمول بندی هزاران معادله با بهره گرفتن از روش QSAR گواه اعتبار مفاهیم و كاربرد آن در توضیح مكانیسم عملكرد داروها در سطح مولكولی و درك كامل تری از پدیده های فیزیكی مانند آبگریزی است [18]. در حال حاضر این امكان وجود دارد كه علاوه بر توسعه مدلی برای یك سیستم، به مقایسه مدل ها از پایگاه داده های بیولوژیكی و به رسم شباهت ها با الگوهایی از پایگاه داده های آلی فیزیكی دست یافت [19]. این فرآیند، مدل استخراج[3] نامیده شده كه یك رویكرد پیچیده برای مطالعه فعل و انفعالات شیمیایی و بیولوژیكی فراهم می كند.

1-3-توسعه تاریخی QSAR

QSAR برای اولین بار در قرن نوزدهم مورد استفاده قرار گرفت. در سال 1863 كروس[4] از دانشگاه استراسبرگ دریافت كه سمیت الكل ها در پستانداران با كاهش حلالیت آنها افزایش پیدا می كند [20]. در سال 1865 براون[5] و فریزر به ارتباط بین فعالیت های فیزیولوژیكی و ساختار شیمیایی پی بردند [21] و اعلام كردند كه عمل فیزیولوژیك ماده، تابع تركیب شیمیایی و ساختار آن است [22]. چند دهه بعد، در سال 1893، ریچت[6] نشان داد كه سمیت مجموعه ی متنوع از مولكول های آلی ساده به طور معكوس به حلالیت آن با آب وابسته است [23]. در سال 1899، هانس هرست مییر[7] از دانشگاه مربورگ و در سال 1897، چارلز ارنست اورتن[8] از دانشگاه زوریخ دریافتند كه سمیّت تركیبات آلی به چربی دوستی آنها بستگی دارد [20 و 24].

لوئیس هامت[9] دریافت كه بین خواص الكترونیكی اسیدها و بازهای آلی و ثابت تعادل و واكنش پذیری آنها ارتباطی منطقی وجود دارد كه این امر باعث توسعه این روش شد. رابرت مویر[10]، گیاه شناس، از دانشگاه پومونا، دریافت كه دو اسید با فعالیت بیولوژیكی مشابه هر دو تنظیم كننده رشد گیاه هستند، طرح این موضوع با شیمیدانی به نام كروین هانش[11] باعث شد تا با درک اهمیت چربی دوستی این کمیت با تقسیم دارو بین اكتانول و آب تعیین شود [25-27].

در سال 1939 فرگوسن[12] تعمیم ترمودینامیكی نسبت به رابطه عمل افسردگی با اشباع نسبی از تركیبات فرار در حاملی كه در آن اجرا می شد را معرفی كرد [28]. كار گسترده ای از آلبرت2، و بل3 و رابلین4 بر روی اهمیت یونیزاسیون بازها و اسیدهای ضعیف در فعالیت باكتریوستاتیك انجام گردید [29-31]. در عین حال در عرصه شیمی فیزیك آلی، گام های بلندی برای اثرات جایگزینی در واكنش های آلی برداشته شد، كه به الهام از كار اولیه هامت بود[32 و 33]. تفت5 راهی را برای تفکیک اثرات قطبی، فضایی و اثرات رزونانس ارایه كرد و اولین پارامتر فضایی، Es را معرفی نمود [34]. مشاركت هامت و تفت ، مبنای مكانیكی برای توسعه الگوهای QSAR توسط هانش و فوجیتا6 را پی ریزی كرد. در سال 1962 هانش و موییر نتایج جالب وابستگی ساختار فعالیت تنظیم كننده های رشد گیاه به ثابت هامت و آبگریزی را منتشر كردند [35]. با بهره گرفتن از سیستم آب / اكتانول، یك سری كامل از ضرایب تقسیم اندازه گیری شد و در نتیجه یك مقیاس جدید هیدروفوبیك معرفی شد. پارامتر ، كه آبگریزی نسبی جایگزینی هست، در یك روش مشابه نسبت به سیگما، تعریف شد [36].

تعداد صفحه :71

قیمت : 14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        *       serderehi@gmail.com