پایان نامه ارشد: بررسی باکتری های احیاء کننده سولفات در عفونت های روده بزرگ و آپاندیسیت

دانشگاه آزاد اسلامی

واحد علوم و تحقیقات کرمان

دانشکده علوم پایه، گروه زیست شناسی

پایان نامه براي دریافت درجه کارشناسی ارشد در رشته زیست شناسی  (M.A)

گرایش: میکروبیولوژی

عنوان:

بررسی باکتری های احیاء کننده سولفات در عفونت های روده بزرگ و آپاندیسیت

استاد راهنما:

دکتر محمد کارگر

استاد مشاور:

دکتر اشرف کریمی نیک

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

فهرست مطالب:

چکيده……………………………………………………………… 1

فصل اول: کليات تحقیق

مقدمه……………………………………………………………… 3

1-1- مورفولوژي روده بزرگ………………………………………. 4

1-1-1 سکوم و آپانديس…………………………………………. 4

1-1-2 کلون……………………………………………………….. 5

1-2- بيماري­هاي روده بزرگ……………………………………….. 6

1-2-1 آپانديسيت………………………………………………… 6

1-2-2 عفونت­هاي داخل شکمي………………………………… 7

1-2-3 بواسير…………………………………………………….. 7

1-2-4 سرطان روده بزرگ……………………………………….. 7

1-3- فلورروده……………………………………………………. 8

1-4- نقش­هاي مهم فلور طبيعي روده……………………….. 10

1-5- تاثير آنتي بيوتيک­ها برروي فلور روده……………………. 12

1-6- علايم خارج شدن توازن باکتري­هاي روده………………. 13

1-7- پروبيوتيک­ها……………………………………………….. 13

1-8- منافع مصرف پروبيوتيک­ها……………………………….. 13

1-9- اشکال پروبيوتيک­ها………………………………………. 14

1-10- پري بيوتيک­ها……………………………………………. 14

1-11- باکتري­هاي بي­هوازي احياکننده سولفات………………. 15

1-12- نقش باکتري­هاي احيا کننده سولفات در طبيعت……..15

1-13- نقش باکتري­هاي احيا کننده سولفات  در صنعت نفت….16

1-14- خوردگي ميکروبي…………………………………….. 16

1-15- واکنش­هاي احياي ترموشيميايي سولفات…………. 17

1-16-  سيستم­هاي آلوده به SRB…………………………..

1-17- اهداف، فرضيات و پرسش اصلي پژوهش…………….18

1-17-1 اهداف اصلي…………………………………………. 18

1-17-2 اهداف اختصاصي……………………………………. 18

1-17-3 اهداف کاربردي………………………………………. 18

1-17-4 فرضيات پژوهش……………………………………… 18

1-17-5 پرسش اصلي پژوهش……………………………… 18

فصل دوم: پيشينه پژوهش

2-1- پژوهش­های انجام گرفته در سطح جهان……………… 20

2-2- پژوهش­های انجام گرفته در ایران………………………. 23

فصل سوم: روش شناسی تحقیق

3-1- مواد و روش کار………………………………………….. 25

3-2- محيط کشت مورد نياز………………………………….. 26

3-3- انتخاب بيماران مورد نظر براي نمونه ­برداري………….. 26

3-4- ارزيابي تاثير آنتي بيوتيک ها برروي باکتري­هاي  SRB

3-4-1 آنتي بيوتيک کليندامايسين………………………….. 30

3-4-2 آنتي بيوتيک جنتامايسين……………………………. 31

3-4-3 آنتي بيوتيک مترونيدازول………………………………. 31

3-5- ارزيابي خواص ضدميکروبي آنتي بيوتيک­ها بر باکتري­هاي SRB مثبت…32

3-6- تعيين هويت مولکولي باکتري­هاي SRB مثبت………… 33

3-7- آنالیز آماری………………………………………………. 33

فصل چهارم: نتایج یافته های تحقیق

4-1- مقدمه…………………………………………………… 35

4-2- تجزيه و تحليل نتايج جمعیت شناختی………………. 35

4-2-1 جنسیت……………………………………………….. 36

4-2-2 سن…………………………………………………….. 37

4-2-3 میزان تحصیلات……………………………………….. 38

4-2-4 میزان درآمد……………………………………………. 39

4-3- ارزیابی فرضيات پژوهش………………………………. 40

4-3-1 فرضیه اول………………………………………………40

4-3-2 فرضیه دوم……………………………………………. 43

4-3-3 فرضیه سوم………………………………………….. 45

4-3-4 فرضیه چهارم………………………………………… 47

4-3-5 فرضیه پنجم…………………………………………. 48

4-3-6 فرضیه ششم………………………………………. 50

4-4- نتايج آزمايش  PCR…………………………………..

4-4-1 تأیید استخراج DNA…………………………………

4-4-2 تأیید PCR ژن16S rRNA……………………………

4-4-3 توالی تعیین ترادف شده قطعه 16S rRNA……….

4-4-4 آناليز فيلوژنتيکي……………………………………. 57

فصل پنجم: بحث و نتيجه گيري

5-1- بحث……………………………………………………..63

5-2- نتيجه گيري……………………………………………. 67

5-3- پيشنهادات……………………………………………..67

منابع و مآخذ………………………………………………… 68

فهرست منابع فارسی……………………………………… 68

فهرست منابع انگلیسی…………………………………… 70

چکیده انگلیسی…………………………………………….. 73

چکیده:

باکتري­هاي احيا کننده سولفات (SRB) گروه بزرگي از ميکروارگانيسم­هاي بي­هوازي هستند که نقش بسيار مهمي در بسياري از فرآيندهاي بيوژئوشيميايي ايفا مي­کنند. اين پژوهش با هدف شناسايي وتعيين هويت مولکولي باکتري­هاي احيا کننده سولفات و نقش آن­ها در عفونت­هاي روده بزرگ و آپانديسيت در شهر کرمان انجام شد. روش کار: اين پژوهش به صورت مقطعي-توصيفي در سال 1391 تا 1392 بر روي 50 بيمار مراجعه کننده به بيمارستان­هاي مختلف شهر کرمان انجام شد. تمامي افراد مورد بررسي داراي مشکلات عفونت روده بزرگ ويا آپانديسيت بودند. در بين اين افراد نمونه­گيري از حفره شکم و روده ي بزرگ انجام شد. سپس نمونه­هاي تهيه شده به محيط کشت اختصاصي API تلقيح و 2 ماه در دماي 35 درجه سانتي گراد گرماگذاري شدند. سپس نمونه­هاي مثبت پس از کشت مجدد در محيط جامد اختصاصيSRB ، براي خالص سازي بيشتر به محيط جديد API  منتقل گرديد. شناسايي مولکولي جدايه ها با بهره گرفتن از پرايمر يونيورسال  16s rRNA و مقاومت آنتي بيوتيکي صورت گرفت. از مجموع نمونه­هاي مورد پژوهش از6 مورد (12%) نمونه­هاي مشکوک به SRB جداسازي گرديد. اما با روش مولکولي در4 مورد (8%) باکتري هاي احيا کننده سولفات شناسايي شد. بيشترين گونه ي باکتري­هاي (SRB) مربوط به سويه Desulfovibrio piger بود. همچنين بين جداسازي باکتري­هاي SRB، سن و ميزان تحصيلات افراد ارتباط معني­داري مشاهده شد مناسب­ترين آنتي­بيوتيک براي حذف باکتري­هاي SRB کليندامايسين شناسايي شد. با توجه به نقش احتمالي باکتري­هاي SRB در  ايجاد سرطان کلون و عفونت­هاي روده­اي، ضرورت انجام پژوهش­هاي تکميلي و پايش مداوم باليني در جمعيت­هاي گسترده تر و ارزيابي نقش بيوسايدها وآنتي­بيوتيک­ها در حذف اين باکتري­ها وجود دارد.

مقدمه:

باکتري­هاي احيا کننده سولفات SRB به طور وسيعي در اقيانوس، آب­هاي شيرين، لجن­ها پراکنده­اند. اين باکتري­ها از سولفات به عنوان پذيرنده نهايي الکترون استفاده و سولفيد هيدروژن توليد مي­نمايند. تا اکنون 14 جنس از اين گروه باکتري­ها شناخته شده که به جز دسولفونما ويبرو تمامي آن­ها گرم منفي مي­باشند. يک جنس از اين باکتري­ها به نام دسولفوويبرو مي­تواند در هنگام تکثير فعال خود بيش از 10 گرم در ليتر سولفيد هيدروژن توليد نمايد (آبیارد 1382، 12-11؛ ;Geneva 2001, 157 Collette 1999, 198 ).

باکتري­هاي SRB نقش مهمي را در شروع التهاب يا التهاب­هاي دائمي از قبيل بيماري­هاي دندان[1] ايفا     مي­کنند (;Langendijk 2000, 943-950 loubinoux et al 2003, 1304-1306 ). Desulphovibrio spp از آبسه­هاي شکمي و آبسه­هاي مغزي و همچنين از خون و ادرار نيز جدا شده­اند (Collette 1999, 198). باکتري­هاي SRB انرژي مورد نياز خود را از احياي سولفات بدست مي­آورند اين باکتري­ها به دليل توليدH2s  که بجز ترکيبات سيتوتونيک[2] مهم است و يک عامل خورنده[3] مي­باشد (Barton 2007, 1-523) و در مجاري دستگاه گوارش (دهان و روده) انسان و حيوانات وجود دارند. يکي از آرکي متانوژنيک (متانوژن) به نام متانو بروي باکتراسميتي[4] در عفونت­هاي انساني يافت شده است (Worden and Smelly 1996, 157-171 ) مهم ترين باکتري­هاي احياکننده سولفات شناسايي شده در فلور روده عبارتند از:

دسولفوتوماکولوم[5]، دسولفوويبريو[6]، دسولفوبولبوس[7]، دسولفوفيرفيلدنيس[8]، دسولفوويبريوپيگر[9] (Goldstein 2003, 2752-2754؛ La Scola and Raoult 1999, 3076-3077 ، Susceptibilities of  23 Desulfovibrio Isolates from Humans, 5308–5311 ).

براساس مطالعات Birvin در سال 2001 در کشور کانادا شيوع مشکلات گوارشي همراه با درد 6% گزارش کرد و در سال 2003 Ehlin و در سال 2004 Wilson در انگلستان شيوع عفونت را به ترتيب 2/8 درصد و 5/10 درصد گزارش کردند که از سال 1970 تا 2004 به طرز چشمگيري افزايش پيدا کرده است. Hugin در سال 2005 و Boivin در سال 2001 در ايالات متحده امريکا عفونت روده در بين دانش آموزان و در محدوده سني بين 16 تا 30 سال در مردان 65 درصد و در زنان 44 درصد گزارش کردند.

در سال 1992، John، Boseph و همکاران ثابت کردند که منوباکتام­ها (آزترونام) يا آمينوگليکوزيدها به همراه کليندامايسين يا مترونيدازول در کاهش (Intra abdominal infections) موثر مي­باشند (Yoshiota et al 1991, 11-17 ).

آنتي­بيوتيک کليندامايسين از دسته داروهاي پادباکتري با نيمه عمر 2 تا 3 ساعت مانع از بيوسنتزپروتئين توسط باکتري مي­شود که در درمان پريتونيت، عفونت­هاي داخل شکمي و همچنين عفونت­هاي استافيلوکوکي مصرف مي­شود. مترونيدازول يکي از داروهاي نيتروايميدازول اثر کشندگي بر باکتري­هاي  بي­هوازي و پروتوزوآها دارد از اين رو در درمان بيماري­هاي التهابي، کوليت پسودو ممبراند و عفونت­هاي ژيادريايي مصرف مي­شود (منصور 1390، 36-35؛ گوهرخاني 1374، 27؛ سيمون 1368، 18-17).

هدف از این پژوهش، ارزیابی نفش باکتری­های احیا کننده سولفات در ایجاد عفونت­هاي روده بزرگ و آپانديسيت در شهر کرمان می باشد.

1-1- مورفولوژي روده بزرگ

روده بزرگ به طول 1.4 تا 1.8 متر، از انتهاي روده باريک شروع شده و به مجراي مقعد ختم مي­شود. ابتداي روده­ي بزرگ که در ارتباط با ايلئوم قراردارد، سکوم يا روده کور ناميده مي­شود. قسمتي ازروده بزرگ که بين سکوم وآنال کانال قراردارد، کولون ناميده مي­شود که به سه قسمت کولون مساعد، کولون افقي وکولون نازل، تقسيم مي­گردد. کولون نازل درانت ها به سيگموئيدورکتوم و نهايتاً آنال کانال، ختم مي­شود (جان اي 1389، 90-89).

1-1-1- سکوم و آپانديس

سکوم قسمت ابتدايي روده بزرگ است که زاييده آپانديس به قسمت بن بست آن متصل مي­شود. آپانديس زايده­ي انگشت مانندي است به طول 10-5 سانتي­متر وقطر متوسط 8/0 سانتيمتر که با افزايش سن قطر آن کاهش مي­يابد. ديواره آپانديس مرکب از 4 لايه­اي است که درساير قسمت­هاي لوله گوارش يافت مي­شود. مخاط آپانديس شبيه روده بزرگ، فاقد پرز وچين و حاوي غدد لوله­اي مستقيم است. اپيتليوم پوشاننده آن شامل سلول­ هاي جذب­کننده و جامي است. آستروزير مخاط حاوي تعداد زيادي عقده­هاي لنفاوي است که با افزايش سن ازتعداد آنها کاسته مي­شود. در افراد سالخورده با ناپديدشدن بافت لنفاوي درآپانديس، مخاط وزيرمخاط فيبروزه ميشوند. طبقه عضلاني در آپانديس شبيه روده کوچک، مرکب از عضلات حلقوي درداخل وعضلات طولي درخارج است که از خارج بوسيله بافت سروز پوشيده شده است. آپانديس يک عضو لنفاوي است و مانند ديگربافت­هاي لنفاوي ميتواند ملتهب شده وتوليد آپانديسيت نمايد (جان اي 1389، 90-89).

2-1-1- کلون

وظيفه اصلي کلون جذب آب واملاح است که در نتيجه آن مواد هضم نشده وارده از روده باريک به کلون، از حالت مايع به حالت جامد درآمده و مدفوع[1] ناميده مي­شود. باتوجه به عملکرد روده بزرگ که در اصل هدايت مواد هضم نشده به خارج از بدن است، روده بزرگ فاقد چين و پرز است.

کلون شامل قسمت­هاي کلون صعودي، کلون عرضي، کولون نزولي، کلون خاصره لگني يا سيگموئيد روده مستقيم دنباله کلون خاصره لگني و قسمت انتهايي روده کلفت است. طول آن 12 تا15 سانتيمتر ميباشد. قسمت تحتاني روده مستقيم به مجراي مقعدي[2] ختم مي­شود. رگ­هاي خوني تغذيه کننده روده با عبور از طبقه عضلاني به زير مخاط رسيده و شبکه عروق بزرگي را بوجود مي آورند که انشعابات آن به آستر محور پرزهاي در روده باريک، نفوذ مي­نمايد. شريانچه­هاي انتهايي، پس از تشکيل شبکه مويرگي در درون پرزها به وريدچه­ها منتهي مي­شوند. عروق لنفي روده به صورت بن بست از راس پرزها شروع و مجراي شيري ناميده مي­شوند. اين رگ­ها شبکه مخاطي را تشکيل داده وسپس به لنفاتيک­هاي زير مخاط مي­ريزند.     رگ­هاي لنفي زيرمخاطي، پس ازعبور از عقده هاي لنفي مسير، توسط مجراي توراسيک به سيستم وريدي تخليه مي­شوند. بنابراين مواد حمل شده از طريق رگ­هاي لنفي وارد کبد نمي­شوند. عصب­گيري لوله گوارش توسط سيستم عصبي اتونوم انجام مي­گيرد که خود به دو قسمت داخلي[3] و خارجي[4] تقسيم  مي­گردد. قسمت داخلي که به سيستم عصبي روده­اي نيز موسوم است، مرکب از  نورون­هاي حسي،    نورون­هاي رابط و نورون­هاي حرکتي است که بدون ارتباط با سيستم عصبي مرکزي وبه طور رفلکس، عمل مي­نمايد. بدين ترتيب که تحريکات ناشي از ترکيب مواد غذايي (تحريکات شيميايي) يا اتساع روده در اثر تجمع مواد (اتساع مکانيکي) به شبکه­هاي مايسنر، منتقل شده و نورون­هاي حرکت آنها، سبب ترشح   سلول­هاي اپيتليال، انقباض عضلات وتحريک حرکات روده مي­شوند (حسن پور 1389، 77-76؛ سوزان 1389، 24-23؛ ساداتي 1389، 57-56).

2-1- بيماري­هاي روده بزرگ

1-2-1- آپانديسيت

بيماري آپانديسيت يا التهاب زايده کرمي شکل شيوع فراوان دارد. علل پيدايش آپانديسيت بسيار مختلف است. يبوست، انگل­هاي روده، تورم روده بزرگ، عفونت­هاي عمومي ازقبيل گريپ، آنژين چرکي ميتوانند ايجاد آپانديسيت نمايند. اولين علامت مهم آپانديسيت حاد، احساس درد در اطراف ناف است، اما هنگام لمس و فشار ناحيه راست و زيرشکم، دردناک است. هنگام حمله درد آپانديسيت، جدار سمت راست وزيرشکم سخت مي شود.

بيمار حالت تهوع واستفراغ دارد. تب مختصر است و آزمايش خون ازنظر نوع گلبول­هاي سفيد، عفونت حاد را نشان مي دهد. اگر آپانديس بيمار برداشته نشود، حمله حاد آپانديسيت گاه به گاه تکرار خواهد شد. علت عود بيماري اغلب يک سرماخوردگي است. حملات بعدي آپانديسيت هميشه سختتر بوده و با عوارض بيشتري توام است. آپانديس متورم ممکن است در مدت کوتاهي چرک کند و قانقاريا شود.

2-2-1- عفونت های داخل شکمی

معمولاً توسط مخلوطي از باسيل­هاي روده­اي گرم منفي وباکتري­هاي بي­هوازي، ايجاد مي­شوند. اين مخلوط ارگانيسم­ها باعث ظرفيت پتانسيل بيماري­زايي باکتري­ها مي­شود (ديناکي 1389، 151).

عفونت­هاي داخل شکمي شامل عفونت هاي حفره صفاق يا فضاي پشت صفاقي است. حفره صفاق از زير سطح ديافراگم تا کف لگن گسترده است و دربرگيرنده معده، روده کوچک، روده بزرگ، کبد، کيسه صفرا و طحال است. عفونت­هاي داخل شکمي گاهي پراکنده يا موضعي هستند و اين عفونت­ها شايد داخل ساختمان­هاي احشايي مثل کبد، کيسه صفرا، طحال، لوزالمعده، کليه يا اندام­ها توليد مثلي خانم ها بروز کنند.

پريتونيت (التهاب صفاق) و آبسه يک پاسخ التهابي حاد به ميکروارگانيسم­هاي موجود در صفاق (پريتوئن)، مواد شيميايي، تحريک يا جراحت ناشي از جسم خارجي است و آبسه يک تجمع زياد چرکي از مايعات جدا شده از بافت­هاي احاطه کننده آن است که با ديواره­اي مشتمل بر سلول­هاي التهابي و ارگان­هاي نزديک آن ديده مي­شود. معمولاً حاوي زخم نکروتيک، باکتري و سلول­هاي التهابي است. پريتونيت و آبسه از نظر تظاهرات و روش­هاي درماني متفاوت هستند.

پريتونيت به سه دسته نوع I (اوليه)، نوع II (ثانويه) و نوع III تقسيم بندي مي­شود. پريتونيت اوليه يا پريتونيت باکتريايي، يک عفونت حفره صفاق است.

آبسه­ها شايد داخل حفره صفاق يا اندام­هاي  احشايي با اندازه­هاي متفاوت قرار داشته باشند و شکل­گيري آن­ها از چند هفته تا چندسال طول مي کشد. علل آبسه­هاي داخل شکمي با پريتونيت يکسان است و در واقع احتمالاً به تناوب يا همزمان اتفاق مي­افتد. آپانديسيت شايع­ترين علت آبسه است.

[1] – feces

[2] – Anal canal

[3] – Intrinsic

[4] – extrinsic

[1] – Periodentistis

[2] – Cytotonic

[3] – Cotrosive

[4] – Methano brevibacter smithi

[5] – Desulfotomaculum

[6] – Desulfovibrio

[7] – Desulfobulbus

[8] – Desulfofarfildenis

[9] – Desulfovibrio piger

تعداد صفحه : 88

قیمت :14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        *       serderehi@gmail.com

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.